Parce que le Jardin d’acclimatation se situe dans le bois de Boulogne, l’octroi d’un permis de construire relève d’une procédure d’instruction plus complexe, gisement de vices de procédure sur le terrain desquels les requérants ont tenté de se placer.

Le classement du bois de Boulogne, en site classé par arrêté du 23 septembre 1957, a pour effet que tout projet de travaux requiert l’obtention d’une autorisation spéciale, l’article L. 341-10 du code de l’environnement disposant que « Les monuments naturels ou les sites classés ne peuvent ni être détruits ni être modifiés dans leur état ou leur aspect sauf autorisation spéciale ».

S’agissant d’un permis de construire, l’octroi de cette autorisation relève de la compétence du ministre chargé des sites classés et constitue un préalable indispensable à l’obtention du permis (article R.425-17 du code de l’urbanisme).

Saisi par le service instructeur du permis, le ministre doit lui-même saisir pour son instruction la commission départementale de la nature, des sites et des paysages (CDNPS) et peut, le cas échéant, également saisir la commission supérieure des sites, perspectives et paysages (CSSPP).

Cet examen doit permettre au ministre chargé des sites d’apprécier si les travaux nécessitent, en raison de leur nature ou de leur ampleur, un déclassement, même partiel du site, eu égard à leur incompatibilité avec la décision de classement. Si tel devait être le cas, il appartiendra au ministre chargé des sites de refuser l’autorisation spéciale du fait de son incompétence en matière de déclassement.

Le classement de cette promenade publique parisienne visait à interdire toute nouvelle concession et non à interdire toute évolution ou amélioration des concessions existantes et inscrites dans l’histoire du bois (voir en ce sens, l’avis de la commission des sites, perspectives et paysages du département de la Seine rendu lors de sa séance plénière du mardi 23 octobre 1956 ainsi que justement la décision du ministre chargé des sites du 1er août 2007 relative au Jardin d’acclimatation ).